Все соглашения с подчиненными подписывайте в 3-х экземплярах.
Черную папку со своим комплектом соглашений оставляете у себя. Красную папку с комплектом соглашений подчиненного отдаете подчиненному.
В кадровую службу передайте третий комплект документов.
Если вы в дальнейшем будете продлевать или заново подписывать какие-либо соглашения, то вам стоит их заново прикладывать в обе папки.